Le chakra bleu
La plupart des Ninjas possèdent un chakra "bleu" qu'ils savent utiliser afin de réaliser des ninjitsu. Cependant, les ninjitsu les plus puissants en ont besoin de beaucoup afin d'être réalisés.
Tous les ninjas ne disposent pas de la même réserve de chakra, et une fois cette réserve utilisée, elle ne peut être renouvelée que par le repos (ou en mangeant pour Chouji)
Le chakra vert
Certains ninjas possèdent aussi un chakra vert, bien utilisé ce chakra permet de guérir. Certaines personnes comme Tsunade ou son assistante, Shizune, sont passées maitres dans l'art d'utiliser ce chakra et sont des guérisseurs particulièrement efficaces. D'autres, comme Kabuto, s'en servent pour infliger des blessures internes à leurs ennemis.
Le chakra rouge
C'est le chakra de Kyubi, le démon a neuf queues scellé dans le corps de naruto. Ce chakra est d'une puissance exceptionnelle. Lorsque Naruto parvient à le maitriser, ou lorsque Kyubi reprend le dessus, on peut le voir a l'oeil nu. On ne connait ni la puissance de ce chakra ni les réserves dont il dispose.
Le chakra mauve
Ce chakra ne peut être utilisé que par les personnes qui ont le sceau maudit d'Orochimaru (kubiwa) et qui y ont survécu. Lorsqu'il entre en action, l'utilisateur se couvre de marques noires (voir page 4) et le chakra devient visible a l'oeil nu, il entoure la personne de mauve. Ce type de Chakra est extrêmement dangereux. Quelqu'un qui utilise trop ce chakra apres avoir été marqué perd de son hummanité et devient un esclave d'Orochimaru.

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